首都・京都に迫るBETAの進撃を止めるべく、戦地へと赴く唯依達。しかし、圧倒的なBETAの数の前に、抵抗も虚しく戦術機は次々破壊され、苦楽を共にしたクラスメートたちも、ひとり、またひとりと犠牲となっていくのだった。
撤退を余儀なくされた唯依たちは、救援隊の待つ京都駅へと向かうが、そこにはさらに凄惨な現実が待っていた。

3年後、成長した唯依はアラスカへ向かう航空機の中にいた。「トータル・イクリプス」の物語が、今、幕を開ける  。